但是，该消息传出后，也有一些科学家和医学研究人员怀疑，这名婴儿被“功能性治愈”或许并不像人们最初以为的那样神奇，而只是一个难以复制的巧合。如果科学家的上述怀疑被证明是正确的，那么，这个“密西西比案例”能为艾滋病治疗所提供的参考价值将大打折扣。
质疑一：婴儿是否真的感染HIV
医学界对该案例最大的疑问在于，这名儿童是否真的感染了艾滋病病毒。按照主治医生、密西西比大学医务中心的汉娜·盖伊介绍，婴儿的母亲是位艾滋病病毒感染者，婴儿出生后的血液检测报告也显示其艾滋病病毒呈阳性。
但旧金山加州大学艾滋病研究者史蒂芬·迪克斯认为，婴儿的细胞“可能被感染了，病毒肯定存在，但是受感染的细胞可能不是会变成长期宿主的类型。”
病毒宿主指的是一种休眠细胞，其在大多数艾滋病患者停止治疗后短短数周内会再度引发感染，极难对付。在很多艾滋病患者身上，病毒宿主可以存活数年，且无法被完全清除。而对艾滋病病毒携带者所进行的治疗的关键，就是逆转这些潜藏病毒宿主对身体的影响。“（密西西比案例中）可能发生的情况是，潜伏宿主被预防了，而不是被逆转了。”迪克斯对《华尔街日报》说。
质疑二：10个月的稳定期还太短
科学家们的另一种担忧，则是这名婴儿体内所残留的艾滋病病毒是否还有能力导致其发病。
在对其实施抗逆转录病毒联合治疗后，医生对这名婴儿进行了多次血测。一系列测试表明，婴儿血液中的病毒在逐步减少。在他出生29天之后，病毒已降低到了无法检测的水平。停止治疗的10个月后，医生又多次对其进行标准的血液检测，HIV特异性抗体这一标准的HIV感染临床指标的测试结果也始终为负。但根据对这名婴儿进行的超敏感测试，婴儿体内仍有残留的艾滋病毒，只不过这些病毒已不具有复制能力。
这些残留的艾滋病毒引起了科学家们的警惕。美国传染病专家肯特·瑟普科维茨对每日野兽网表示：“艾滋病的发展可以持续数年，十个月的稳定期对艾滋病来说，仅仅只是很短一段的时间。”瑟普科维茨认为，比起“治愈”或者“功能性治愈”的说法，“没有持续治疗但被稳定地抑制，或许是更准确的表述”。
美国《大西洋月刊》还指出，虽然对这名婴儿实施了比其他案例更强烈的抗逆转录病毒联合治疗，但盖伊“并不能确定到底发生了什么”，使这名婴儿被“功能性治愈”。从这个意义上说，“密西西比案例”可能只是一个巧合，很难被复制。
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